机构设置：设立综合科、业务一科及业务二科

综合科主要职责：1、负责辖区企业进出口申报中的现场综合业务处置、单证验核、后续验估等工作，负责属地纳税人管理、通关事务担保、海关统计、企业注册登记、企业巡查；2、负责辖区加工贸易合同设立、变更、核销、结转、外发加工、内销征税等工作，承担保税业务的前期验厂以及单耗、受灾货物等核定确认工作；3、负责辖区保税仓库管理工作。

    业务一科主要职责：1、负责德清县进出境运载工具、货物等海关检查、检疫工作，包括出入境植物、非食用性植物产品及其他相关应检物的检验检疫监管（党委研究决定由中心关承担的工作任务除外）。2、负责德清县出入境集装箱、木质包装和铺垫材料的卫生和动植物检疫工作。3、负责德清县进出口商品的法定检验和监督管理工作，包括进口商品验证、法定检验商品数（重）量鉴定、装运前检验及监督管理（党委研究决定由中心关承担的工作任务除外）。4、负责德清县海关监管作业场所日常管理和物流监控工作。

    业务二科主要职责：1、负责德清县进出口收发货人备案登记，承担出入境植物、非食用性植物产品的生产、加工存放单位（仅限竹木草企业）的换证考核工作（首次注册登记和换证的考核工作）。2、负责组织落实德清县的核查工作。