清咸丰十年（1860）2月，太平军忠王李秀成、侍王李世贤，从安徽广德分道入浙，会师安吉，攻占长兴，围攻湖州不下，回师攻打江南大营。
　　清咸丰十二年（1862）1月，太平军再克杭州后，调集数万兵力加紧对湖州的围攻。时湖州地区长兴、德清、武康、安吉、孝丰等县以及南浔、乌镇、晟舍、双林、菱湖、荻港等乡镇，都已先后被太平军占领。4月，慕王谭绍光从上海方面率部来湖州督攻，太平军于5月30日攻占湖州。在籍道员地主武装头子赵景贤被太平军活捉后，押送苏州处死。太平军进城后，纪律严明，处事公道，深得民心。清王朝惶恐不安，为了镇压太平军，不惜一切手段，于清咸丰十二年（1862）1月，任命左宗棠为浙江巡抚，主持浙江军事，对勾结外国侵略者屠杀太平军“有功”的大加封赏。蒋益沣在江西、广西等地镇压太平军“有功”，清廷派蒋为浙江布政使，为左宗棠的得力帮手，加紧对太平军的围剿。
　　清咸丰十四年（1864）4月，当太平军在浙江的城池相继失守后，湖州成为太平军在浙江的最后一个据点，湖州保卫战也就在太平天国革命的最后关头开始了。太平军重要将领事先曾在德清会合，研究决定分兵两路，一路由侍王李世贤、康王汪海洋等率领自德清经昌化，进入皖南另建根据地。一路由堵王黄文金、辅王杨辅清，佑王李远继，匡王赖文鸿，昭王黄文英等留守湖州。
　　太平军在湖州附近的村镇增筑防御工事，以菱湖、东林为第一道防线；袁家汇、荻港等地为第二道防线；湖州附近思溪、双福桥、晟舍、长超山等地重点镇守。当时进犯湖州的清军，除左宗棠的湘军和洋枪队“常捷军”外，还有江苏的淮军郭松林、潘鼎新部，投降清军的蔡元吉、邓光明部也跟随进犯湖州。湖州保卫战一开始形势就十分严峻，武康、德清均先后被清军攻陷。当月中旬，清军分两路进攻湖州。（湖州晚报）